プライバシーマークが取れない場合はありますか？

途中で断念しない限り、取得できるものです。
受験のように、合格、不合格のイチゼロではないからです。

例えば、自動車免許教習所での卒業を思い出してください。
教習所での教習をクリアすれば、1回で卒業検定が受かるかどうかは個人差がありますが、最終的に卒業できないという話は聞きませんね。
免許を取りたいというモチベーションから教習所に通っている訳なので、ある程度時間がかかったとしても卒業できますね。

教習所が当社のようなコンサルティング会社と思ってください。
適切なコンサルティング会社であれば、きちんとしたメゾットでお客様を取得まで導きます。

ただし、コンサルティング会社を使わず、自社のみで申請した事業者が現地審査で沢山の指摘をもらいすぎて、途中で断念してしまったという話はよく聞きます。※自動車免許の例だと教習所に通わず、運転免許センターで「一発試験」にチャレンジするようなものです

適切なコンサルティング会社に支援してもらえれば、このような状況になることはまずありません。